Die Familie Bach gehörte zur evangelisch-lutherischen Stadtgemeinde St. Peter und Paul. Das Gotteshaus ist seit dem 13. Jahrhundert im Herzen der Stadt Weimar nachweisbar. Die Patronatsrechte lagen zunächst bei den Stadtherren, den Grafen von Orlamünde, die sie 1284 dem Deutschen Orden übertrugen. Die Kirche war bis 1530 von einem Friedhof umgeben, der nach seiner Auflassung allmählich dem Töpfermarkt (heute Herderplatz) zugeordnet wurde.
Laut Inschriften dürfte der Turm 1493 vollendet worden sein; von 1498 bis 1500 erfolgte der Neubau der dreischiffigen spätgotischen Hallenkirche mit neu geostetem Chorraum. Die Stadt Weimar übernahm 1513 das Patronatsrecht der Kirche, in der zwischen 1518 und 1540 mehrfach Martin Luther predigte. Mit Magister Johann Grau (Caesius) wurde 1525 der erste evangelische Pfarrer eingesetzt.
Herzog Johann Friedrich I. von Sachsen-Weimar bestimmte 1552 die Stadtkirche zur landesfürstlichen Grablege. In herzoglichem Auftrag begann Lucas Cranach d. Ä. wohl 1552 mit dem Entwurf des dreiteiligen Flügelaltars, den sein gleichnamiger Sohn bis 1555 (vermutlich mit Beteiligung des Cranach-Schülers und Hofmalers Peter Roddelstet, genannt von Gottlandt) vollendete. Der Flügelaltar war Teil einer imposanten Doppelgrabanlage für Herzog Johann Friedrich I. (1503–1554) und Magdalena Sibylle von Jülich-Cleve-Berg (1512–1554) am Eingang des Chorraums. Die beiden großen brozenen Grabplatten liegen auf einem kunstvoll verzierten Steinsockel nahe den Chorstufen; das Kunstschmiedegitter ist zwar erhalten, beim Wiederaufbau der Kirche aber nicht mehr montiert worden. Schon 1560 wurde der Altar separat aufgestellt, damit die Pfarrer mit dem Gesicht zur Gemeinde die Gottesdienste feiern können.

 

Im Chorraum und dem nördlichen Seitenschiff befinden sich zahlreiche weitere Grabdenkmäler und Epitaphe der Herzöge von Sachsen-Weimar, unter denen das monumentale Epitaph für Herzog Johann (1570–1605) und Herzogin Dorothea Maria (1574–1617) aus Marmor und Alabaster zugleich den Eingang in die 1617 abgetrennte Taufkapelle im nordöstlichen Seifenschiff bildet.
Herzog Ernst August ließ 1726 die Kirche modernisieren, doch nach Meinungsverschiedenheiten mit dem Stadtrat kamen die Arbeiten schon im folgenden Jahr zum Erliegen. Unter Hofbaumeister Johann Adolf Richter erhielt das Gotteshaus 1735–1745 anstelle der gotischen Spitzbogenfenster neue Rundbogenfenster, eine neue hölzerne Doppelempore, die baufälligen spätgotischen Steingewölbe wichen verputzten Holzgewölben. Gegenüber der 1741 angebrachten neuen Kanzel befand sich seit 1738 der erneuerte, verglaste Fürstenstand, dessen farbiges Allianzwappen an der Emporenbrüstung erhalten ist.
Von 1776 bis zu seinem Tod 1803 wirkte Johann Gottfried Herder als Generalsuperintendent und Oberhofprediger an der Stadtkirche, der in der Kirche begraben wurde. Spätestens mit der Enthüllung des von Ludwig Schaller (1804–1865) geschaffenen, durch Ferdinand Miller in der Königlichen Gießerei bei München in Bronze gegossenen überlebensgroßen Herder-Denkmals vor der Südseite der Kirche am 25. August 1850 setzte sich volkstümlich der Name „Herderkirche“ durch.
Am 9. Februar 1945 zerstörten Sprengbomben große Teile der Kirche, die ab 1948 schrittweise wieder aufgebaut werden konnte. Der Schriftsteller Thomas Mann erhielt 1949 den Weimarer Goethe-Preis verliehen und stiftete das Preisgeld in Höhe von 20.000 DM für den Wiederaufbau der Kirche, die am 14. Juni 1953 wieder eingeweiht wurde.
Der Hofmusiker Johann Sebastian Bach lernte  die Kirche 1703 in ihrer gotischen Gestalt mit Spitzbogenfenstern und der alten Kanzel kennen. In seiner Amtszeit als Hoforganist und Konzertmeister ließen Johann Sebastian und Maria Barbara Bach am etwa gleichzeitig mit der Kirche entstandenen Taufstein ihre Kinder taufen, nämlich am 29. Dezember 1708 Catharina Dorothea, am 24. November 1710 Wilhelm Friedemann, am 10. März 1714 Carl Philipp Emanuel und am 12. Mai 1715 Johann Gottfried Bernhard Bach; die Zwillinge Maria Sophia und Johann Christoph hatten zuhause eine Nottaufe empfangen.
Organist der Stadtkirche war seit 1707 Bachs Neffe zweiten Grades, Johann Gottfried Walther. Da an hohen Festtagen die Hofgottesdienste in der Stadtkirche gefeiert wurden, dürfte zu diesen Anlässen Johann Sebastian Bach die 1684 von Christoph Junge mit 25 Registern auf zwei Manualen und Pedal erbaute Orgel gespielt haben. Von 1697 bis zu seinem Tod am 30. November 1726 bekleidete Georg Theodor Reineccius das Amt des Stadtkantors. Anlässlich von Maria Sophia Bachs Nottaufe am 23. Februar 1713 ist er an dritter Stelle unter den Paten genannt (Dok II, 56).

Bildnachweis: Dr. Markus Zepf (Bach-Archiv Leipzig, Juni 2019)