Johann Sebastian Bachs privates Umfeld in Köthen ist – wie in den anderen Fällen auch – nur in Bruchstücken bekannt. Mehrfach erscheinen Bach und seine Ehefrauen als Taufpaten in den Kirchenbüchern. Sein erstes in Köthen geborenes Kind war der am 17. November 1718 getaufte Leopold August. Der Säugling starb bereits im September des folgenden Jahres. Während einer längeren Dienstreise mit seinem Fürsten nach Karlsbad starb Bachs Ehefrau Maria Barbara im Juli 1720. Mit diesem Verlust wird Bachs Wunsch nach einem Ortswechsel in Verbindung gebracht, der ihn im November/Dezember 1720 zur Bewerbung um das Organistenamt an der großen Arp-Schnitger-Orgel der Hamburger Hauptkirche St. Jacobi veranlasste.

Am 21. Juni 1721 wurde Anna Magdalena Wilcke als Hofsängerin bestallt. Die Tochter des Weißenfelser Hof- und Feldtrompeters Caspar Wilcke ist am 25. September 1721 gemeinsam mit dem Kapellmeister unter den Paten für Johann Christian Hahn, Sohn des fürstlichen Kellerknechts Christian Hahn und dessen Ehefrau Maria Elisabeth, aufgeführt (Dok II, Nr. 108). Im Dezember 1721 heirateten Bach und Anna Magdalena Wilcke "auf Fürstl. Befehl" in Bachs Wohnung (Dok II, Nr. 110). Wo sich diese Wohnung befand, ist noch immer unklar, es werden drei mehr oder weniger wahrscheinliche Wohnstätten ins Feld geführt. Einer mündlichen Überlieferung in Köthen folgend, soll das Ehepaar um 1721 umgezogen sein.

Kontakte zu Köthener Musikern scheint Bach in seiner Leipziger Zeit weiterhin gepflegt zu haben. Er wird Pate bei einem Sohn von Konzertmeister Joseph Spieß, der mehrfach Violinen des Innsbrucker Meisters Jacob Stainer (oder nach dessen Modell gefertigte Instrumente) der fürstlichen Hofkapelle verkaufte. Ob die im Oktober 1750 in Bachs Nachlass aufgeführte Stainer-Violine ebenfalls aus dieser Verbindung herrührte, ist unbekannt.