1240年,多米尼加的僧侶們在南城墻上的格里瑪門(Grimmaisches Tor)旁邊為一座修道院教堂祝聖。經過多次擴建和改建,15世紀末成為了一座現代的晚期哥德式教堂,隨後在1521年又在城墻後面建造了一座三層的聖所,不過,在1546年萊比錫新建城市防禦工事的過程中,城墻不得不部分讓路。1534年,在多米尼加修道院的房間里,菲利普·梅朗頓(Philipp Melanchthon)、格雷郭爾·馮·布呂克(Gregor von Brück)和克里斯托弗·馮·卡洛維茨(Christoph von Carlowitz)與邁森主教的特使朱利葉斯·馮·普魯克(Julius von Pflugk)和格奧爾格·馮·卡洛維茨(Georg von Carlowitz)一起尋求阻止基督教會的永久分裂。在萊比錫引入宗教改革的五年後,多米尼加修道院成為了君主的財產。盡管有市議會的幹預,薩克森的莫里茨公爵(Herzog Moritz von Sachsen)還是將該建築群轉讓給了大學。大學早在1543年10月10日就將該教堂作為集會大廳和路德教的禮拜場所,並培育了五名神學家畢業。在教堂經過整修後,馬丁·路德於1545年8月12日正式為聖保羅大學教堂舉行了祝聖儀式,直到19世紀,這里一直是萊比錫教授們的首選埋葬地。在18世紀,它的西側有一個巴洛克式的入口,兩側有兩根柱子;在內部,華麗的雙廊為大學成員和政要提供了足夠的空間,在下層廊道上建有小教堂和禱告室。
從1710年開始,教堂在巴洛克式現代化的改造過程中,管風琴必須為新的崇拜會方式(即加入唱詩環節)進行調整。在聖多馬樂長(Thomaskantor)約翰·庫瑙(Johann Kuhnau)和尼古拉琴師丹尼爾·維特(Daniel Vetter)的專業監督下,管風琴建造者約翰·沙伊貝(Johann Scheibe)於1710-1716年將管風琴從南墻移至西廊,並賦予其一個新的外殼。他的工作伴隨著各種逆境,以及與大學管理部門的協調問題,這些問題最後讓被任命的管風琴專家約翰·瑟巴斯蒂安·巴赫顯而易見。1717年12月中旬,他在萊比錫逗留數日,檢查風琴,這是他與萊比錫第一次可證實的接觸。
約翰·郭特利布·郭爾納(Johann Gottlieb Görner)於1716年成為該教堂的管風琴師和音樂總監。 之後,他在1721年成為聖尼古拉教堂的管風琴師,又在1729年成為聖多馬教堂的管風琴師,但依然兼任聖保羅教堂的音樂總監,而聖尼古拉學校的老師約翰·克里斯托弗·蒂勒(Johann Christoph Thiele)則被任命為他的繼任管風琴師。另一方面,身為聖多馬樂長的約翰·瑟巴斯蒂安·巴赫,則負責聖誕節、復活節、聖靈降臨節和宗教改革日上午9點所謂的“舊禮拜”的音樂項目。由於主要教堂的崇拜會都是在同一時間進行的,因此只有在講道之後才會聽到小型的音樂項目,巴赫經常將其交給有能力的學生來指揮。大學教堂的神職人員主要是大學的神學家,他們也在兩間主要教堂之一工作,因為在聖多馬教堂或聖尼古拉教堂擔任主任牧師或大執事的教會職務可以確保獲得教授職位的資格,所以在這種情況下,大學不必支付工資。
大學於1727年9月5日為在普雷茨施城堡(Schloss Pretzsch)去世的薩克森選帝侯克里斯蒂安娜·埃伯哈丁(Kurfürstin Christiane Eberhardine von Sachsen)舉行葬禮,此時發生了一起與音樂總監約翰·郭特利布·郭爾納(Johann Gottlieb Görner)有關的爭執。萊比錫學生卡爾·馮·基希巴赫(Carl von Kirchbach)於1727年9月12日和10月3日分別向大學和選帝侯請求批準在大學教堂舉行學術葬禮,由約翰·克里斯托弗·郭特施特(Johann Christoph Gottsched)撰寫德語悼詞和葬禮演說,他委托聖多馬樂長約翰·瑟巴斯蒂安·巴赫(Thomaskantor Johann Sebastian Bach)在10月3日至5日期間將其譜曲;作為大學教堂的音樂總監,郭爾納感到自己被忽視,要求他有權在演出時交付捐贈的作品(文件二,編號225)。最後,巴赫在10月17日的葬禮上演奏了《放手吧,公主,讓它有另一道光芒》“Laß, Fürstin, laß noch einen Strahl” BWV 198,該曲於1727年10月15日匆忙完成,據推測巴赫任意給郭特施特的詩詞進行分段。克里斯托弗·恩斯特·西庫爾(Christoph Ernst Sicul)報告說:“......因此,還可以聽到樂長巴赫先生以意大利曲風創作的葬禮音樂,其中包括巴赫先生親自演奏的大鍵琴、管風琴、維奧爾琴、魯特琴、小提琴、橫笛等,其中一部分在悼詞和葬禮演講之前演奏,另一部分則在葬禮演講之後演奏”。(文件二,第232號)。
Bildnachweis Graphik 1747: Bach-Archiv Leipzig
Bildnachweis Graphik 1790: Stadtgeschichtliches Museum Leipzig